В 2000 році проведені дві студентські наукові конференції, одна з яких мала статус міжнародної.
В 2000 році науковці університету взяли участь у таких закладах: "Дні Науки НаУКМА”, щорічна науково-методична конференція "Могилянські читання’ 2000”, Міжнародна науково-практична конференція "Геоінформаційні системи і муніципальне управління”, науково-практична конференція "Атомна промисловість: точка зору молодих науковців”, регіональна наукова конференція спільно з Британською Радою.
МФ НаУКМА взяла активну участь у роботі оргкомітету міжнародної конференції "Modelling and Simulation” – 5 повідомлень.
МФ НаУКМА в 2000 році виступила співорганізатором Міжнародної школи моделювання разом з двома відомими вузами Польщі (Ржешівський педагогічний університет, Ржешівський політехнічний університет) та двома українськими ВЗО (ЛДТУ, УДМТУ). Від МФ НаУКМА було представлено більше 10 наукових доповідей. В Польщі вийшла збірка праць конференції, в якій опубліковані роботи науковців академії: проф. Фісуна М.Т., проф. Кондратенка Ю.П., ректора Клименка Л.П., викладачів: Кравець І.О., Гожого О.П., Ромакіна В.В., Бабича О.Г., студента Бабича Є.О. Школа є щорічною конференцією і проводиться щовересня.
Представники МФ НаУКМА представили свої наукові доповіді у 2000 році на Міжнародному IFAC симпозіумі по управлінню роботами "SYROCO’2000” (Австрія), Міжнародній RINA конференції "Людський фактор при проектуванні та управлінні об’єктами” (Лондон).
Професор Кондратенко Ю.П. за запрошенням Оргкомітету очолював секцію по управлінню мобільними роботами на симпозіумі "SYROCO’2000”. Представники філії працювали в складі оргкомітетів таких міжнародних форумів, як:
1. Міжнародна конференція «Сучасні методи управління» (Липецьк, 2001р.);
2. Міжнародна конференція AMSE з проблем моделювання (Львів, 2001р.);
3. Міжнародна IFAC конференція з автоматичних систем для створення інфраструктури в країнах, що розвиваються (Сконія, Македонія, 2001р.);
4. Міжнародна конференція з автоматичного управління (Одеса, 2001р.);
5. Міжнародні школи з моделювання AMSE-VAPL (Алушта, 2001р.).
Зараз знаходяться на етапі обговорення питання укладення угоди про співдружність між МФ НаУКМА та Інститутом менеджменту та дослідження операцій Бозумського університету (Німеччина), а також про спільну наукову співпрацю з Ржешівським університетом (Польща).
МФ НаУКМА була одним з ВЗО, у якому впроваджено ліцензований програмний пакет по автоматизованому проектуванню цифрових пристроїв Active-VHDL (фірма Aldec, США). Завдяки активній позиції по впровадженню Active-VHDL в навчальний процес МФ НаУКМА безкоштовно отримала ліцензію на 2001 рік.
У 2005 році на базі Миколаїського державного гуманітарного університету імені Петра Могили були проведені наступні конференції:
1. Міжнародна наукова конференція „Карнавал як явище культури”, 28-30 квітня 2005 року.
2. VII конференція молодих науковців „Ольвійський форум ІІ”, 27-29 травня 2005 року.
3. Міжвузівська конференція „Екологічні проблеми природокористування та охорона довкілля”, 26-27 травня 2005 року.
4. Щорічна науково-методична конференція „Могилянські читання 2005”, 31 жовтня-6 листопада 2005 року.
В обговоренні проблем на секціях конференцій разом із викладачами МДГУ дискутували фахівці з НаУКМА, Національного університету кораблебудування, Миколаївського державного університету ім. В.О. Сухомлинського, Миколаївської філії Київського державного університету культури і мистецтв, Миколаївського державного аграрного університету, Науково-дослідного інституту „Миколаївська астрономічна обсерваторія”, Українського радіотехнічного інституту, Одеського державного економічного університету, НДФІ при Мінфіні України, Національного технічного університету „Харківський політехнічний інститут”, Київського національного університету ім. Т. Шевченка, Інституту педагогіки і психології професійної освіти АПН України, Центрального інституту післядипломної педагогічної освіти АПН України, Херсонського національного технічного університету, Херсонського морського інституту, Одеського Національного університету ім. І.І. Мечнікова, Державного архіву Миколаївської області, ДП „Дельта-Лоцман”, Південного гіпрорибфлоту, Південного центру нетрадиційних джерел енергії „Бояр”, Обласного краєзнавчого музею, історико-краєзнавчого товариства „Золота ладдя”, Пушкінського клубу, пологового будинку № 6 (м. Київ).
90 % доповідей пропонується до друку у науково-методичному журналі Миколаївського державного гуманітарного університету імені Петра Могили „Наукові праці”, що входить до переліку наукових фахових видань України, в яких можуть публікуватися результати дисертаційних робіт на здобуття наукових ступенів доктора та кандидата наук. Серії: політичні науки, економічні науки, історичні науки, педагогічні науки, комп’ютерні науки, техногенна безпека, екологія (агрономія), філологія.
Проведення семінарів, які стосуються міжнародних програм
За рік ми пропонуємо до 30 різних програм обміну. Крім того, ми регулярно проводили семінари за участю представників міжнародного фонду "Відродження", ACCELS, IREX, міжнародного центру "Освіта", Fulbright Program.