Вченою Радою ЧДУ ім. П.Могили протоколом № 5 від 15 січня 1998 року були затверджені основні напрями наукової діяльності:

1. Науково-освітнє забезпечення регіональної програми "Миколаївський навчальний національно-культурний комплекс”.
2. Сучасні проблеми розвитку соціально-економічної сфери Українського Причорномор’я.
3. Історія та сучасні соціально-політичні проблеми Причорномор’я України.
4. Наукове забезпечення розвитку продуктивних сил півдня України.
5. Інтелектуальні системи та прогресивні комп’ютерні технології.
6. Проблеми екологічної безпеки півдня України.