В університеті працює 250 професорів та викладачів, в тому числі 29 докторів, 82 кандидати наук, а також 3 штатні працівники науково-дослідного підрозділу.
Університет має провідні наукові школи і займає лідерські позиції в Україні з таких наукових чи науково-технічних напрямів
| Назва наукової школи (групи) | Керівник |
| 1. Інтелектуальні системи та прогресивні технології | Кондратенко Юрій Пантелійович, д.т.н., професор |
| 2. Історія та сучасні соціально-політичні проблеми Причорномор´я України | Багмет Михайло Олександрович, д.і.н., професор |
| 3. Сучасні проблеми соціально-економічні розвитку Миколаївського регіону | Верланов Юрій Юрійович, к.е.н., в.о. професора |
| 4. Триботехнологія | Клименко Леонід Павлович, д.т.н., професор |
| 5. Науково-освітнє забезпечення розбудови Миколаївського навчального національно-культурного комплексу | Мещанінов Олександр Павлович, к.т.н., в.о. професора |
Напрям науково-технічної діяльності, в якому університет міг би виконувати функції головної установи:
- "Освітньо-наукове забезпечення сталого регіонального розвитку (на прикладіі Миколаївщини)".
Основною метою даної діяльності є гармонізація суспільства на регіональному рівні через наукове обґрунтування та динамічне визначення балансу між економічним зростанням та соціальним розвитком усіх суб’єктів господарювання та суспільно значимих верств і поколінь населення регіону шляхом об’єднання усіх зацікавлених сторін навколо регіональних центрів науки та освіти, інтелектуального потенціалу наукових шкіл та завзяття нової інтеграції молоді, формування конкурентоспроможного кадрового потенціалу та якісного соціального капіталу, коли у громадян зростає довіра, чесність взаємовідносин, соціальна справедливість та рівність у розподілі прибутків.
Це лідерство підтверджується, зокрема Постановою Кабінету Міністрів України від 3 липня 1996 року № 712 "Про утворення Миколаївської філії Національного університету "Києво-Могилянська академія".
Університет готовий відповідати на рівні держави за супроводження технологічного розвитку в Україні і трансфер технологій в сфері:
- Технологій управління структуроутворенням при відливці чавунних виробів.
- Ресурсозберігаючих екологічно чистих технологій в машинобудуванні.
- Когенераційних систем.
Для цього необхідно здійснити відкритий публічний конкурс (тендер) на фінансування запропонованих робіт у визначених сферах.
Університет має інфраструктуру і матеріально-технічну базу та досвід організації для виконання наступних фундаментальних досліджень, прикладних розробок, інноваційних проектів:
- Характеристика взаємодії центрального та місцевого бюджетів у галузі фінансування соціальної сфери.
- Розробка мобільного приладу комплексного кардіологічного моніторингу та діагнозу.
- Розробка композиційного пористого матеріалу з об’ємнозмінними теплофізичними властивостями для постійних ливарних форм
- Регіоналізація університетської освіти для сталого розвитку суспільства
- Німецькі поселенці в Україні: історія та сьогодення.
- Інформаційні технології автоматизації контролю якості й обліку досліджень біологічних рідин в клініко-діагностичних лабораторіях.
- Розробка струминних технологій зменшення токсичних парогазоподібних викидів промислових підприємств
- Вдосконалення фінансового механізму вирівнювання місцевих бюджетів.
- Опрацювання основних елементів альтернативного (екологічно-безпечного) землеробства для фермерських господарств різної спеціалізації.
- Гідродинаміка бортової хитавиці суден.
За останні 5 років наукові досягнення відзначені Державними преміями України і галузі науки і техніки, іменними преміями НАН України та іншими нагородами.