Інститути
- Інститут історії української діаспори
- Інститут науково-освітнього забезпечення екологічної складової сталого розвитку Чорноморського регіону України при МДГУ імені Петра Могили (Інститут сталого розвитку)
Центри
- Регіональний Центр історії Нижнього Подніпров'я та Побужжя
- Центр політичних досліджень
- Навчально-науковий центр з європейської та євроатлантичної інтеграції
- Науково-методичний центр екобезпеки
- Центр інноваційного розвитку
- Центр дистанційної освіти
- Інформаційно-комп'ютерний центр
Відділи та частини
- Науково-дослідна частина
- Відділ дослідження історії голодоморів ХХ століття на Миколаївщині
- Відділ аспірантури
- Відділ інтелектуальної власності
- Редакційно-видавничий відділ
Лабораторії